Запускаем CompareIt.

Сразу появляется обычное окно для выбора файла со своего компьютера. Находим сначала один и выбираем его, тут же откроется окно для выбора второго. (Программа запоминает последнюю папку, поэтому у меня создана спец. папка, куда я кладу сравниваемые файлы и, открыв программу, сразу попадаю в нее, остается только выбрать нужные файлы, а не рыться на компьютере). В результате программа примет вот такой вид:

В самом начале идет дескрипшен, здесь хранятся все данные о файле.
Сразу видно выделенное красным первое различие: в правом файле появилось содержание в аннотации (1).
Чтобы перейти к следующему различию, нажимаем на значок на панели инструментов, на который показывает стрелка на картинке. Или, еще удобнее, клавишу F8.
Если у вас текст не вписывается в страницу и абзацы идут в одну строку, у меня так было в программе изначально, наверху найдите "Вид" и поставьте галочку в "Перенос по словам".

Можно также оставить только текст, в котором найдены отличия, убрав весь остальной (но останется по пять абзацев обычного текста без отличий до и после (в настройках можно изменить эту цифру)). Это делается в меню "Вид", как на картинке:

Дальше смотрим следующее различие — (2) — это разница в обложках.
Следом — (3) — с правой стороны удален автор файла.
А также — (5) — удалена история.
Но остался тот же id и версия файла (6). Вероятность совпадения id нулевая, т. е. это изначально один файл, судя по дате, исходный тот что слева, и уже в него были внесены изменения.
(4) — использованные программы и дата создания файла.
Дальше различие — это в правом файле появилась иллюстрация:

Следующее — добавлена повесть "Труженники Зазеркалья".

А здесь удалена аннотация:


Иногда случается неправильное соответствие строк.

Это легко исправляется. На нужном абзаце с одной стороны правой кнопкой мыши выбираем "Ручное сопоставление" — "Установить закрепление вручную" (Ctrl+M). То же самое делаем на одинаковом абзаце с другой стороны.
Затем в меню "Вид" нажимаем "Пересканировать" (F5).

Если пользоваться горячими клавишами, это будет еще быстрее и проще: Ctrl+M на одном, Ctrl+M на другом абзаце, затем F5, — и готово.
В итоге текст сопоставился правильно.

Можно убрать знак закрепления, нажав пр. кн. мыши и выбрав "Удалить закрепления".

Так, нажимая на стрелочку, проверяется весь файл. Легко и просто.

Дополнения.

1) При сравнении может встретиться вот такая конструкция (1):

А на схеме справа (2) будет видна тонкая линия.
Это означает, что такой текст в файле есть, но он перемещен в другое место.
Чтобы найти перемещенный текст, установите курсор на абзац и наверху, в меню "Объединение", выберите пункт "Показать перемещенное".

Произойдет переход на перемещенный текст. Вернуться обратно можно опять через "Показать перемещенное".


2) Если в файлах встречаются повторяющиеся отличия, к примеру, разные тире, или три точки и многоточие:

проходить по ним придется слишком долго.
Лечится это обычной массовой заменой: в меню "Правка" — "Замена", "Поменять все". Потом выбираем "Вид" — "Пересканировать" (или просто нажимаем F5). Все отличия исчезнут.

На все действия можно назначить горячие клавиши в меню "Настройки" — "Клавиатура"


3) Перенесла тоже сюда:
Открыла для себя велосипед хороший способ сравнивать спорный fb2-файл и pdf/djvu. Способ очевидный, но почему-то раньше в голову не приходил. Сравнивала визуально, по каждому входящему произведению. И отследить таким образом можно было только другой перевод, другую редакцию в большинстве случаев определить было почти невозможно.
Просто загрузила djvu в FR, убрала обложку, титульные листы; убрала мягкие переносы и разрывы строки и сохранила сразу в fb2. Получившийся результат вполне позволил с помощью CompareIt сравнить файлы, определить подлинность сборника и исправить все найденные несоответствия.
Т. е., если есть, например, сборник от Сундука, и удалось найти такую книгу в pdf или djvu, легко и быстро можно отличить подделку. И при небольших отличиях даже сделать полноценную книгу.
Если кто не владеет FR, может попросить сделать такой сырой fb2. Сделать его легко и быстро, и поэтому такая просьба совсем не затруднит.