Уже в древности труд Геродота относили к самым замечательным произведениям историографии. Композиционно все произведение Геродота делится на две части. Первая, заканчивающаяся главой 27 пятой книги, излагает историю Лидии в связи с походами Кира, подробно рассказывает о Египте, ставшем объектом завоевательного похода сына Кира Камбиса, повествует о внутренней истории Персии в связи с воцарением Дария; далее описывается поход Дария против скифов (и поэтому детально рассказывается о Скифии). К этой части труда примыкают ливийский (персы собирались завоевать Ливию) и фракийский логосы. Вся первая часть представляет собой как бы разросшееся введение, в котором преобладают этнографические и географические экскурсы. Разделы ее в значительной мере самостоятельны: лидийский, египетский, скифский, киренский, ливийский и фракийский логосы.
Вторая часть, которую следует считать главной, посвящена истории греко-персидских войн. Она распадается на три раздела. Первый излагает события ионийского восстания, второй рассказывает о походе Дария, третий содержит историю похода Ксеркса.