EPUB за бугорами популярен, а вот у нас FB2. Можно конечно вручную в HTML прописать FB2 - но, не факт...что там все будет идеально чисто. т.к. в большей степени основополагающие скрипты для FB2 заложены в программе FBE(FictionBook Editor.
Желаете чистую, опрятную книженцию в FB2 - настраиваете Wine. Wine 1.6 стабилен, для FBE - FBE не требует инновационных программ и техники, эта программа в основном работает корректно на старых прожитках.
FBE от Wine требует дополнительный пакет msxml3 msxml6. Выше привел описание, как установить корректно FBE на любых версиях Wine...в том числе и на любых сборках Linux.
Если корректно установить Wine и не запускать его из под рута, он будет сохранять все свои данные в папку "{HOME}/". А значит, он безопасен и все настройки которые вы правите в программе, относятся только к Wine - и ни к чему либо.
Успехов