«Энциклопедия синто» является первым изданием подобного рода в России. В связи с этим перед составителями «Энциклопедии» стояло множество трудностей научного, организаторского и дидактического плана. Хотя в самой Японии имеется немало изданий справочного характера, посвященных синто, они могли послужить образцом лишь в ограниченной степени, поскольку они рассчитаны на японского читателя, чьи представления о синто и базовые знания о японской культуре сильно отличаются от интеллектуального багажа читателя отечественного. Таким образом, в данной «Энциклопедии» авторам пришлось сочетать решение задач научных, популяризаторских и справочных. В связи с этим составители отказались от чисто словарного построения «Энциклопедии». Авторы выделили несколько разделов (источники и письменные памятники, мифы и божества, ритуал в синтоистской традиции, основные святилища и их устройство, школы и интерпретаторы, отражение синто в искусстве и литературе), которые представляются минимально необходимыми для очерчивания такого многообразного и зачастую не вполне определенного явления, каковым является синто. В этих тематических разделах словарным статьям авторы предпослали свое видение того или иного объекта изучения в его историческом развитии, что должно создать у читателя более полное представление о том, чем является синто и каковы его границы. При этом следует иметь в виду, что концептуальные позиции авторов «Энциклопедии» совпадают не всегда. Это нашло свое отражение в трактовке тех или иных явлений и институтов, что отражает сложность и многогранность исследуемого предмета.